早期的古希腊自然哲学家们，以构成万事万物的材料作为本原，体现他们朴素的宇宙观：即本原并无定形，万物从本原自然诞生，经生灭变化后又回归本原。所以本原既是一切又什么都不是，没有任何规范性，这和中国先民创造的“太极”概念非常相似。
当哲学家们用无形的本原，解释万物流转变化时，知识的问题开始突出，现时的事物未必适用于未来，凭人类感官经验，无法求出普遍的真理或知识。于是，他们提出两个极端的主张，使得自然哲学的研究陷入僵局。
以弗所学派: 一切皆流，无物常住
以弗所学派（Ephesus School）创始人赫拉克利特（Heraclitus），表面上看似继承传统的本原论，还不如说他选择以某件实体，说明其所代表的“变化”例如“火”，只有感官能认知的现象，才算是真实投影的唯物主义哲学家。
赫拉克利特（前540年 - 前480年） 是位完全脱离社会政治活动的专业哲学家，虽出身以弗所的贵族家庭，却甘心过着淡泊以宁静的生活，全心全意从事哲学研究。他写过一部总称为《论自然》，内容包括“论万物”、“论政治”和“论神灵”三部分。可惜这部书没能保存下来，后世只能看到当中130多个断篇残章。他在论著中多用形象比喻，采用深奥的辩证法，因此赢得 “晦涩哲人”的称誉，还批评历史上的名人如荷马、毕达哥拉斯等人
赫拉克利特曾说：“我研究了我自己”，他的认知范畴并不局限于自然科学领域（尽管他的书称为《论自然》），而是针对人类的心灵，提出避开凡世的人为因素干扰，才有可能潜入到灵魂深处。当不强调人个性的区别，人际间的相似度便会提高，本象才能突显出来。
除了“火”是诸元素中最精致及最接近无形的事物外，赫拉克利特更因火兼具“运动者“兼”促动者”的双重角色，得出“万物皆由火生又复归于火”的结论，这明显继承自米利都学派（Milesian school）学者阿纳克西曼德（Anaximander）的“无限者”（apeiron）概念。他在其本原论基础上，提出以下的哲学观点：
（1）自然法则
赫拉克利特认为宇宙本原是永恒的活火，这个秩序井然的宇宙，既非由神也非人力所创造。宇宙本身就是自身的创造者和设计师，其运作受自身的“逻各斯”（logos，即“自然法则”）限定。“逻各斯”属于尺度、大小、分寸等度量衡上的比例关系。他这个主张，可说是继承和融合米利都学派和毕达哥拉斯学派（Pythagoreanism）的思想，也开创后世系统科学里的“自组织原理”之先河。
赫拉克利特主张一切皆师法自然，“逻各斯”不仅是客观世界的规律，也支配着人的主观世界，但它非常隐蔽性，人们随时遇到又视而不见。判断人们拥有智慧与否的衡量尺度，就是能否认识“逻各斯”，即事物发展的普遍规律。因此，博学多闻的人未必就是智者，他们只是见多识广，掌握广泛的感性知识；有智慧的人按照真理行事，懂得驾驭事物变化的真知灼见，这就提出“感性认识”和“理性认知”两种不同能力的命题。
赫拉克利特主要是反对传统的宗教仪式和偶像崇拜，把“神”物化为“逻各斯”，颇类似中国道家学派的“道” ，可说是西方思想史上最早把宗教哲学化，把“宗教的神”改造成“理性之神”的哲学家，从而为哲学脱离宗教跨出一大步。可惜的是，他并没有划清哲学和宗教的界限，以至后期希腊化时期的斯多亚学派（Stoicism），重新定义他的“逻各斯”为“宗教的神”，最终演变成基督教义“太初有道，道成肉身”的超越理念，使哲学重归宗教，直到启蒙时代的思想家，才挣脱神学的羁绊。
（2）万物皆流
赫拉克利特思想闪烁着智慧之光的，还有辩证法（Dialectic）则。他说“一切皆流，无物常住”的运动观，强调事物发展变化的绝对性、普遍性和永恒性。辩证法是关于对立统一、普遍联系和变化发展的哲学观。
赫拉克利特的著名格言:“人不能两次踏入同一条河流”，这句活并非指不同河流之间的区别，而是说水流不息，人不能在不同时空踏进同一条河流。他认为事物都是相互转化，由冷变热，热转冷，湿变干，干又变湿，还明确地断言：“我们走向而又没有走向同一条河流。我们存在而又不存在。”他另一句名言就是“太阳每天都是新的” 。
我在古代世界七大奇观之一的以弗所，矗立在那里的阿耳忒弥神庙是古希腊最大的神殿，其规模超过了雅典卫城的帕特农神庙，神庙附近曾是赫拉克利特的隐居地。群众闻名而至拜访他，看到他同小孩玩骰子很惊讶，他说：“你们这班无赖，有什么值得大惊小怪，这岂不是比你们一起搞政治更正当吗？”
赫拉克利特认为万物变动不居，这种转变是按照一定尺度和规律进行，这都由事物内部的对立面之冲突、斗争达到一定程度（即“临界点”）后，产生出某种结合与和谐，等到和谐受破坏又转化成新事物，这是他的辩证法思想的第二个面向。因此得出本原与万物皆可相互转化，却限于科学水平，未能详细说明转化过程如何进行，直到当代天文学的“宇宙大爆炸论”才解决这个千古难题。
（3）对立统一的辩证法
赫拉克利特也借用埃及人的“玛阿特”（Maat，即和谐有序的宇宙真理）和毕达哥拉斯学派的“和谐”概念，认为对立与冲突蕴藏着某种程度的和谐性。本原（原始的统一）不断地活动和变化，永不止歇地创造，创造即是毁灭，毁灭就是创造，两者是一体两面。他可说是古希腊哲学家当中，首位用朴素语言阐述辩证法要点的学者，连后世前苏联领导人列宁（Lenin）都给予他高度的评价，誉他为“辩证法的奠基人”。西方近代辩证法大师黑格尔承认，他把赫氏的思想纳入自己的逻辑学体系之中。
赫拉克利特对辩证法的最大贡献，在于他提出矛盾事物之间相互依赖、对立和转化，以达到平衡的状态，当失衡发生后，事物也随之消亡毁灭。这种对立冲突使世界充满生机，否则世界早就消亡、停滞或毁灭。他更点出，人类社会也同样受斗争支配，“战争是万有之父和万有之王”。
由于每件事物都是对立性质的统一，世上便没有一件事物具有永恒的性质，它们全既存在又不存在，赫拉克利特因此否认有任何固定不变的“原因”，也不存在万物的本原，人也无从掌握永恒的真理。
（4）其他
赫拉克利特是首位提出认识论（或知识论，Epistemology）问题的哲学家。他重视感觉经验，也最早提出感官经验是否可靠的疑问，提出人类有共同的智慧，开创后世将哲学从完全讨论外部世界，转向研究知识以及知识的主体 - 人本身，也就是“认识你自己”的先河。尼采（Nietzsche）说:"赫拉克利特永远不会过时"。
当一些古希腊自然哲学家们还在争论，究竟什么才算是无定形的本原时，有一派哲学家认为本原必须有规范性，这一派哲学家以伊利亚学派（Eleatic School）为代表。
伊利亚学派 - 本原恒存, 变化皆假
古希腊最早的唯心主义（Idealism）哲学，由伊利亚学派（Eleatics School）明确表达，其代表人物为巴门尼德斯（Parmenides）。开创此派的可能是赞诺芬尼斯（Xenophanes），主张“万物为一”、“一为神”，是公开引起哲学与宗教之争的第一人。
伊利亚学派的哲学家，认为宇宙万物以不生、不灭、不动的形态“存在”，感官经验的运动消长、更替等变化，都属于虚假幻象，全然否定自然学的研究价值（因其研究对象不是真正存在），自信人类的逻辑智慧远胜于感官印象，后世便称他们为“非自然哲学家”。
巴门尼德斯（约公元前6世纪或5世纪哲学家），生话在意大利西海岸的古希腊殖民地伊利亚（Elea），人们都将他看成是伊利亚的立法者。主要著作用韵文写成的《论自然》，如今只剩残篇。他认为真理恒常不变，人不可凭感官经验认识真理，而是以理性和智慧明辨是非、判断对错。他还提出著名的“有”与“无”、“一”与“多”的唯心主义式推论
巴门尼德斯首次明确区分“思维”与“存在”，认为世界明显分成两个部分：一部分是人的主观认识（“思维”或“是者”），另一部分是作为认识对象的客观世界（“存在”或“他者”）。在主体论方面，他又细分为两类认识，一类是感官经验，称之为“意见”；另一类是思想结晶，称之为“真理”。他的哲学立论，完全建立在这两类认识的对立矛盾基础上，而非赫拉克利特主张主客观世界的对立统一体。
在上述认识观基础上，巴门尼德斯认为以弗所学派所谓“一切皆流”的辩证论，纯属主观意见，而非从思想层次上说明真理，只能迷惑于客观世界的虚假幻象。他把所有“存在”、“可认识”或“设想”的事物，都归类为“有”，与之相异就归类为“无”，但“无”既然非感官所能认知，也就没有存在的可能，于是他便得出：万物只能属于“有”而非“无”，并非赫氏所主张“万物既存在又不存在，一切都向对立面转化“，给人理论空泛的感觉。
再进一步，巴门尼德斯认为既然“无”并不存在，世间也就无物可将“有”分割，便再推论“有”必然是完整的“一”而非“多”。如此，感官经验接触的万象既属于“多”，那它们也就不能是“一”而不能归类为“有”，因此他推论，所有运动变化都属于幻象，与幻象对立的必有一个真实的世界。他总结出：把握真理就必须与感官经验脱离，凭着纯粹的思想和逻辑思维（等同于纯粹的存在），才是迈向真理的康庄大道。
巴门尼德斯和其他自然哲学家的共同点，乃是他们都认同宇宙本原处于时空环境下的对象，别派所说的本原具有主观可形塑的性质（如物理性质、数字、语言文字或图形等符号），他相反地认为本原只能凭空用理性思辨和逻辑论辩，去把握的“是者” ，而非以“他者”型态出现，他因此成为西方唯心主义的最早代表。这种主客观分离的认识论，标志与原始朴素哲学不同的新哲学形态，即逻辑思维的新高度，成为了西方本体论（以存在本身为研究对象的学说）的开端。
当巴门尼德提出存在论后，遭受人们无情的嘲讽，幸好他的学生芝诺（Zeno）对这些嘲讽进行回应，他的学说才得到捍卫。柏拉图的对话录中，有篇以他为名，肯定巴氏为伟大的哲学家，因为他“确实触及本原的深刻层次”，对往后的逻辑、知识论与形上学，皆有深刻的影响。
芝诺提出各种论证驳斥“变动”，认为若有变动，则必定与时空间相联系。既然时空间为无限可分，则任何有限的距离都包含无限数目的点，那么只要阿奇里斯（Achilles）让乌龟先走一步，他就算是飞毛腿也永远追不上乌龟了。他的说法并非诡辩，而是提醒大家，不能因为感觉到变动，就盲目接受那是真理。
小结
小结
由于以弗所学派和伊利亚学派的出现，哲学解释上的唯物和唯心、运动和静止的分野，开始明确化。前者把世界本原物质化，由物质运动规律决定精神世界的意识型态；后者认为人的思考法则，即逻辑思维规律高于物质存在，客观存在需要用思维去确定，不合逻辑思维就不可能存在（即是虚假幻象）。这种基本的分歧，此后贯穿西方哲学史的论争。
西方哲学演变至此，由于万物生成变化的本原，非感官所能知晓，人能感知的又有其局限性，而非普遍真理；但若本原非感官所能感知，那又会是什么及如何觉察？而本原又如何生成宇宙万物，又如何与变动不居的万物产生联系呢？这个类似“先有鸡还是先有蛋”式的僵局，尚待哲学后起之秀突破，却是一切哲学发展的基础。
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